Diferença esperada na progênie (DEP)
Utilizada para medir a capacidade de transmissão de características favoráveis de pai para filho, a diferença esperada na progênie – DEP é estimada através de informações de genealogia, e do desempenho do animal juntamente com o de sua progênie. Descreve as diferenças genéticas esperadas para a progênie, quando comparado com a média das progênies de todos os animais avaliados.
Para entender melhor, suponhamos que o touro A apresente uma DEP de escore para marmoreio de +5, e o touro B de +1, onde a diferença entre as DEP’s e de 4.
Se os touros (A e B) forem acasalados com vacas de mesmo valor genético e suas progênies forem criadas sob condições semelhantes, a diferença esperada na média dos dois grupos será de 4, onde a progênie do touro A terá um escore de marmoreio melhor que a progênie do touro B.
Entretanto, é importante frisar que a DEP é uma previsão, que deve vir acompanhada da acurácia.
Diferença esperada na progênie genômica (DEPg)
A DEP genômica segue os mesmos conceitos da DEP tradicional, porém leva em consideração na sua estimativa além das informações da DEP tradicional o valor molecular, obtido através do genótipo do animal. Proporciona aumento na acurácia e acelera os ganhos genéticos, pois permite a seleção de animais jovens com alta acurácia.
Com essa ferramenta o criador tem em mãos a mais alta e acurada tecnologia para selecionar os melhores pais da próxima geração.
Acurácia
A acurácia mede o grau de certeza depositada na precisão da DEP estimada para determinado touro, seja ela a tradicional (DEP) ou a genômica (DEPg). Desta forma, quanto maior a acurácia mais próximo do valor real se encontra a DEP.
Os valores podem variar de 0 (mínimo) até 99% (máximo). Maiores acurácias são obtidas em função da quantidade de informações disponíveis, seja ela de mãe, pai, irmãos completos ou meio-irmãos, de determinado animal. Onde deve ser utilizada como guia para definição da intensidade de utilização de determinado material genético (touro).
Valores de acurácia acima de 70% indicam que os valores de DEP calculados não devem variar radicalmente entre rodadas de estimativas de DEPs, valores abaixo de 30% indicam que consideráveis mudanças podem ocorrer em nova rodada, devido à inclusão de novas informações relacionadas aos indivíduos testados. Cabe ressaltar que mudanças na estimativa da DEP nem sempre são negativas.
Endogamia genômica
Os bovinos possuem 29 pares de cromossomos autossômicos e um par de cromossomos sexuais. Para cada par, um dos membros é herdado do pai via espermatozóide e o outro da mãe via oócito. Quando as cópias materna e paterna são idênticas em determinados segmentos da sequência de DNA, dizemos que o indivíduo carrega corridas de homozigose (ROH, do inglêsruns ofhomozygosity).
Estas ROHs são evidência de endogamia, e portanto podemos quantificar o grau de endogamia genômica de um indivíduo através do simples cálculo do percentual do genoma total que é coberto por ROHs. A identificação das ROHs é realizada por meio de um algoritmo desenvolvido pela equipe AgroPartners, o qual se baseia na técnica de Modelo Oculto de Markov (HMM, do inglês HiddenMarkovModel). O HMM é considerado atualmente a técnica mais robusta para a identificação de ROHs.
Além disso, o tamanho das ROHs está relacionado ao número degerações que se passaram desde o ancestral comum de onde os segmentos idênticos vieram através da fórmula g = 100/2L (onde g é o número de gerações e L é o tamanho da ROH em Mbp), permitindo assim saber se a endogamia genômica é recente ou antiga.
Endogamia antiga geralmente está ligada à fixação de alelos benéficos, que sofreram seleção no passado. No caso de endogamia recente, como qualquer animal carrega uma carga genética de alelos deletérios em heterozigose, ROHs muito longas podem aumentar a probabilidade de depressão por endogamia e o surgimento de defeitos genéticos. Assim, o dashboard mostra em vermelho ROHs
acima de 16 Mbp, que corresponde a endogamia que ocorreu até g = 100/32 = 3,125gerações atrás (isto é, pais, avós ou bisavós aparentadas). Esta é a endogamia com potencial negativo. As demais classes (8 Mbp = 6 gerações,4 Mbp = 13 gerações e 2 Mbp = 25 gerações) apresentadas no dashboard são potencialmente devidas a eventos históricos de seleção ou representamecos do efeito gargalo ocorrido na fundação da raça, os quais poderiam ser estudados de forma mais detalhada.
Valores genéticos
A avaliação genética é feita por meio da metodologia de single-stepGBLUP, a qual combina todas as informações fenotípicas, genealógicase genotípicas disponíveis em uma análise unificada. Os modelos utilizados incluem o efeito fixo de grupo de contemporâneo (animais do mesmo sexo nascidos na mesma fazenda, ano e estação) e o efeito aleatório genético aditivo direto do animal, além do efeito residual. Para peso ao nascimento e peso à desmama, modelos alternativos que incluem os efeitos aleatórios genético aditivo materno e de ambiente permanente materno estão sendo cautelosamente avaliados para potencial divulgação futura.